Запорізька єпархія була заснована рішенням Священного Синоду Української Православної Церкви в 1992 році. Раніше ця територія входила до складу Дніпропетровської єпархії.
Першим архієреєм на Запорізькій кафедрі став єпископ Сімферопольський і Кримський Василій з титулом «Запорізький і Мелітопольський».
Спочатку єпархія мала 8 парафій, її клір становили лише 12 священнослужителів.
2007 року рішенням Священного Синоду зі складу Запорізької єпархії виділена Бердянська. До поділу в єпархії було більше 350 парафій і понад 250 священнослужителів.
Нині на території Запорізької єпархії діють 3 монастирі: чоловічий - в ім'я преподобного Сави Освяченого (м. Мелітополь) та два жіночих - Свято-Успенський (с. Приморське) і Свято-Єлизаветинський (с. Комишуваха).
